島津液相色譜柱的選擇一半是科學，一半是藝術。我們之所以這么說，是因為這里有一些確定的明了標準：與應用相適合的色譜柱固定相、與系統壓力限相適應的規格等等。此外，方法開發可能更有技巧，在這個過程中要測試各種固定相和流動相的性能，以獲得符合您應用需求的選擇性。
島津液相色譜柱的柱長及內徑的選擇要求如下：
長度的選擇：柱越長，總柱效越高(n值越大)，柱越長，分析時間也越長。250—300mm是普遍的柱長，實驗室一半以上的工作都是采用此規格柱子，一般用來分離l0到50個組份的中等至復雜混合物；500—600mm，要求較高分辨率的應用，—般用來分離大于50個組份或包含有難分離物質的復雜樣品程序升溫分析。
內徑：柱效率與柱半徑平方成反比，內徑越小柱效越高，但內徑越大，柱容量也增加，允許進樣量就越多。當進樣量超過柱容量時，則因柱內每塊理論板內不能建立真正的平衡，將會導致色譜蜂畸變，柱分辨率降低，重現性不好。因此對于復雜樣品需要精確分離，必須使用小內徑柱子。另一方面若樣品中存在具有很不相同濃度組份化合物，為了增加樣品容量就必須使用內徑大的柱子，目前實驗室使用常見的柱子內徑一般是4.6mm。
一般選擇原則：分析大分子量化合物選擇大孔徑色譜柱；對于高pH值或者堿性化合物需要選擇高封端或者特殊封端的色譜柱，以改善峰形，延長色譜柱使用壽命等。
現在商品化的液相色譜柱琳瑯滿目，根據色譜柱的參數可以給我們提供一個初步的選擇，但由于各個儀器廠商的填料技術和鍵合技術都有差異，即使都是C18柱，同一品牌不同系列都有不同的功能，有能耐受低pH值的、有耐高溫的、有適合堿性樣品的等等。所以在選擇島津液相色譜柱前要好好研究色譜柱參數，仔細閱讀色譜柱說明書，才能找到合適的色譜柱和適宜的分離方法。
